Manara, Serena
Manara, Serena
Analysis of 1321 Eubacterium rectale genomes from metagenomes uncovers complex phylogeographic population structure and subspecies functional adaptations
2020-01-01 Karcher, Nicolai; Pasolli, Edoardo; Asnicar, Francesco; Huang, Kun D.; Tett, Adrian; Manara, Serena; Armanini, Federica; Bain, Debbie; Duncan, Sylvia H.; Louis, Petra; Zolfo, Moreno; Manghi, Paolo; Valles-Colomer, Mireia; Raffaetà, Roberta; Rota-Stabelli, Omar; Collado, Maria Carmen; Zeller, Georg; Falush, Daniel; Maixner, Frank; Walker, Alan W.; Huttenhower, Curtis; Segata, Nicola
Coronaviruses and SARS-CoV-2 in sewerage and their removal: Step by step in wastewater treatment plants
2022-01-01 Foladori, P.; Cutrupi, F.; Cadonna, M.; Manara, S.
Evaluation of concentration procedures, sample pre-treatment, and storage condition for the detection of SARS-CoV-2 in wastewater
2023-01-01 Cutrupi, Francesca; Rossi, Michele; Cadonna, Maria; Poznanski, Elisa; Manara, Serena; Postinghel, Mattia; Palumbi, Giulia; Bellisomi, Marta; Nicosia, Elena; Allaria, Giorgia; Dondero, Lorenzo; Veneri, Carolina; Mancini, Pamela; Ferraro, Giusy Bonanno; Rosa, Giuseppina; Suffredini, Elisabetta; Foladori, Paola; Grasselli, Elena
Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle
2019-01-01 Pasolli, Edoardo; Asnicar, Francesco; Manara, Serena; Zolfo, Moreno; Karcher, Nicolai; Armanini, Federica; Beghini, Francesco; Manghi, Paolo; Tett, Adrian; Ghensi, Paolo; Collado, Maria Carmen; Rice, Benjamin L.; Dulong, Casey; Morgan, Xochitl C.; Golden, Christopher D.; Quince, Christopher; Huttenhower, Curtis; Segata, Nicola
Genomic diversity and ecology of human-associated Akkermansia species in the gut microbiome revealed by extensive metagenomic assembly
2021-01-01 Karcher, N.; Nigro, E.; Puncochar, M.; Blanco-Miguez, A.; Ciciani, M.; Manghi, P.; Zolfo, M.; Cumbo, F.; Manara, S.; Golzato, D.; Cereseto, A.; Arumugam, M.; Bui, T. P. N.; Tytgat, H. L. P.; Valles-Colomer, M.; de Vos, W. M.; Segata, N.
Maternal and food microbial sources shape the infant microbiome of a rural Ethiopian population
2023-01-01 Manara, Serena; Selma-Royo, Marta; Huang, Kun D; Asnicar, Francesco; Armanini, Federica; Blanco-Miguez, Aitor; Cumbo, Fabio; Golzato, Davide; Manghi, Paolo; Pinto, Federica; Valles-Colomer, Mireia; Amoroso, Loredana; Corrias, Maria Valeria; Ponzoni, Mirco; Raffaetà, Roberta; Cabrera-Rubio, Raul; Olcina, Mari; Pasolli, Edoardo; Collado, Maria Carmen; Segata, Nicola
Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation
2019-01-01 Thomas, Andrew Maltez; Manghi, Paolo; Asnicar, Francesco; Pasolli, Edoardo; Armanini, Federica; Zolfo, Moreno; Beghini, Francesco; Manara, Serena; Karcher, Nicolai; Pozzi, Chiara; Gandini, Sara; Serrano, Davide; Tarallo, Sonia; Francavilla, Antonio; Gallo, Gaetano; Trompetto, Mario; Ferrero, Giulio; Mizutani, Sayaka; Shiroma, Hirotsugu; Shiba, Satoshi; Shibata, Tatsuhiro; Yachida, Shinichi; Yamada, Takuji; Wirbel, Jakob; Schrotz-King, Petra; Ulrich, Cornelia M.; Brenner, Hermann; Arumugam, Manimozhiyan; Bork, Peer; Zeller, Georg; Cordero, Francesca; Dias-Neto, Emmanuel; Setubal, João Carlos; Tett, Adrian; Pardini, Barbara; Rescigno, Maria; Waldron, Levi; Naccarati, Alessio; Segata, Nicola
MetaPhlAn 4 profiling of unknown species-level genome bins improves the characterization of diet-associated microbiome changes in mice
2023-01-01 Manghi, Paolo; Blanco-Míguez, Aitor; Manara, Serena; Nabinejad, Amir; Cumbo, Fabio; Beghini, Francesco; Armanini, Federica; Golzato, Davide; Huang, Kun D; Thomas, Andrew M; Piccinno, Gianmarco; Punčochář, Michal; Zolfo, Moreno; Lesker, Till R; Bredon, Marius; Planchais, Julien; Glodt, Jeremy; Valles-Colomer, Mireia; Koren, Omry; Pasolli, Edoardo; Asnicar, Francesco; Strowig, Till; Sokol, Harry; Segata, Nicola
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus eradication in cystic fibrosis patients: A randomized multicenter study
2019-01-01 Dolce, D.; Neri, S.; Grisotto, L.; Campana, S.; Ravenni, N.; Miselli, F.; Camera, E.; Zavataro, L.; Braggion, C.; Fiscarelli, E. V.; Lucidi, V.; Cariani, L.; Girelli, D.; Faelli, N.; Colombo, C.; Lucanto, C.; Lombardo, M.; Magazzu, G.; Tosco, A.; Raia, V.; Manara, S.; Pasolli, E.; Armanini, F.; Segata, N.; Biggeri, A.; Taccetti, G.
Microbial genomes from non-human primate gut metagenomes expand the primate-associated bacterial tree of life with over 1000 novel species
2019-01-01 Manara, Serena; Asnicar, Francesco; Beghini, Francesco; Bazzani, Davide; Cumbo, Fabio; Zolfo, Moreno; Nigro, Eleonora; Karcher, Nicolai; Manghi, Paolo; Metzger, Marisa Isabell; Pasolli, Edoardo; Segata, Nicola
Mother-to-Infant Microbial Transmission from Different Body Sites Shapes the Developing Infant Gut Microbiome
2018-01-01 Ferretti, Pamela; Pasolli, Edoardo; Tett, Adrian; Asnicar, Francesco; Gorfer, Valentina; Fedi, Sabina; Armanini, Federica; Truong, Duy Tin; Manara, Serena; Zolfo, Moreno; Beghini, Francesco; Bertorelli, Roberto; De Sanctis, Veronica; Bariletti, Ilaria; Canto, Rosarita; Clementi, Rosanna; Cologna, Marina; Crifò, Tiziana; Cusumano, Giuseppina; Gottardi, Stefania; Innamorati, Claudia; Masè, Caterina; Postai, Daniela; Savoi, Daniela; Duranti, Sabrina; Lugli, Gabriele Andrea; Mancabelli, Leonardo; Turroni, Francesca; Ferrario, Chiara; Milani, Christian; Mangifesta, Marta; Anzalone, Rosaria; Viappiani, Alice; Yassour, Moran; Vlamakis, Hera; Xavier, Ramnik; Collado, Carmen Maria; Koren, Omry; Tateo, Saverio; Soffiati, Massimo; Pedrotti, Anna; Ventura, Marco; Huttenhower, Curtis; Bork, Peer; Segata, Nicola
Precise phylogenetic analysis of microbial isolates and genomes from metagenomes using PhyloPhlAn 3.0
2020-01-01 Asnicar, Francesco; Thomas, Andrew Maltez; Beghini, Francesco; Mengoni, Claudia; Manara, Serena; Manghi, Paolo; Zhu, Qiyun; Bolzan, Mattia; Cumbo, Fabio; May, Uyen; Sanders, Jon G.; Zolfo, Moreno; Kopylova, Evguenia; Pasolli, Edoardo; Knight, Rob; Mirarab, Siavash; Huttenhower, Curtis; Segata, Nicola
Route of SARS-CoV-2 in Sewerage and Wastewater Treatment Plants: Dilution, Decay, Removal, and Environmental Transmission
2021-01-01 Foladori, Paola; Cutrupi, Francesca; Cadonna, Maria; Manara, Serena; Maestrini, Federica
SARS-CoV-2 from faeces to wastewater treatment: What do we know? A review
2020-01-01 Foladori, Paola; Cutrupi, Francesca; Segata, Nicola; Manara, Serena; Pinto, Federica; Malpei, Francesca; Bruni, Laura; La Rosa, Giuseppina
Strain-level (meta)genomic profiling of bacteria from hospital pathogens to non-human primate commensals
2019-10-30 Manara, Serena
Studying Vertical Microbiome Transmission from Mothers to Infants by Strain-Level Metagenomic Profiling
2017-01-01 Asnicar, Francesco; Manara, Serena; Zolfo, Moreno; Truong, Duy Tin; Scholz, Matthias Uwe; Armanini, Federica; Ferretti, Pamela; Gorfer, Valentina; Pedrotti, Anna; Tett, Adrian James; Segata, Nicola
Surveillance of SARS-CoV-2 in extensive monitoring of municipal wastewater: Key issues to yield reliable results
2021-01-01 Cutrupi, F.; Cadonna, M.; Manara, S.; Foladori, P.
The person-to-person transmission landscape of the gut and oral microbiomes
2023-01-01 Valles-Colomer, Mireia; Blanco-Míguez, Aitor; Manghi, Paolo; Asnicar, Francesco; Dubois, Leonard; Golzato, Davide; Armanini, Federica; Cumbo, Fabio; Huang, Kun D; Manara, Serena; Masetti, Giulia; Pinto, Federica; Piperni, Elisa; Punčochář, Michal; Ricci, Liviana; Zolfo, Moreno; Farrant, Olivia; Goncalves, Adriana; Selma-Royo, Marta; Binetti, Ana G; Becerra, Jimmy E; Han, Bei; Lusingu, John; Amuasi, John; Amoroso, Loredana; Visconti, Alessia; Steves, Claire M; Falchi, Mario; Filosi, Michele; Tett, Adrian; Last, Anna; Xu, Qian; Qin, Nan; Qin, Huanlong; May, Jürgen; Eibach, Daniel; Corrias, Maria Valeria; Ponzoni, Mirco; Pasolli, Edoardo; Spector, Tim D; Domenici, Enrico; Collado, Maria Carmen; Segata, Nicola
The rapid spread of SARS-COV-2 Omicron variant in Italy reflected early through wastewater surveillance
2022-01-01 G, La Rosa; M, Iaconelli; C, Veneri; P, Mancini; G, Bonanno Ferraro; D, Brandtner; L, Lucentini; L, Bonadonna; M, Rossi; M, Grigioni; Palma, Achille; Stenico, Alberta; Antonelli, Alberto; Izzotti, Alberto; Schiavuzzi, Alessandra; Tosco, Alessandra; Porta, Amalia; Franzetti, Andrea; Turolla, Andrea; Costa, Angela; D’Argenzio, Angelo; Romano, Angelo; Pariani, Anna; Carducci, Annalaura; Prast, Anna-Maria; Agodi, Antonella; Cersini, Antonella; Pizzolante, Antonio; Azzellino, Arianna; Bertasi, Barbara; Griglio, Bartolomeo; Ancona, Carla; Massimo Maida, Carmelo; Montanaro, Carmen; Ottaviano, Claudio; Cocuzza, Clementina; Pignata, Cristina; Nasci, Daniele; Cereda, Danilo; Oliva, Desdemona; Antonella Giorgi, Doriana; Grasselli, Elena; Mengon, Elena; Nicosia, Elena; Carraro, Elisabetta; Ammoni, Emanuela; Ricci, Enrica; Grange, Eric; Federici, Ermanno; Zuccato, Ettore; Filippetti, Fabio; Zuccon, Fabio; Guarneri, Flavia; Damasco, Florida; Palumbo, Franca; Apollonio, Francesca; Borney, Francesca; Ciuti, Francesca; Cutrupi, Francesca; Malpei, Francesca; Pennino, Francesca; Russo, Francesca; Pizzo, Francesco; Triggiano, Francesco; Rigoli, Franco; Trani, Gabriella; Cecchini, Giancarlo; Borlone, Gianluca; Allaria, Giorgia; Bertanza, Giorgio; Fusco, Giovanna; La Vecchia, Giovanna; Alborali, Giovanni; Giammanco, Giovanni; Santoro, Giovanni; Pitter, Gisella; Lauretani, Giulia; Nani, Giulia; Purpari, Giuseppa; Aprea, Giuseppe; Bucciarelli, Giuseppe; Di Vittorio, Giuseppe; Lauria, Giuseppe; Federigi, Ileana; Amoruso, Irene; Ferrante, Irene; De Lellis, Laura; Gentili, Lisa; Zago, Lorella; Decastelli, Lucia; Bolognini, Luigi; Cossentino, Luigi; Bianchi, Manila; Antonelli, Manuela; Guercio, Marco; Verani, Marco; Zampini, Marco; Ferrante, Margherita; Cadonna, Maria; Grazia Cerroni, Maria; Luisa Callegari, Maria; Teresa Montagna, Maria; Teresa Scicluna, Maria; Arizzi, Mariaconcetta; Mariuz, Marika; Nadia Losio, Marina; Palermo, Mario; Paniccià, Marta; Triassi, Maria; Barchitta, Martina; Ramazzotti, Matteo; Postinghel, Mattia; Cravero, Mauro; Ruffier, Mauro; Petricciuolo, Maya; La Bianca, Michele; Colitti, Michele; Monfrinotti, Monica; Fontani, Nadia; Ungaro, Nicola; Formenti, Nicoletta; Mongelli, Onofrio; De Giglio, Osvalda; Angelini, Paola; Foladori, Paola; Torlontano, Paolo; Montenegro, Patrizia; Laura, Pellegrinelli; Calà, Piergiuseppe; Olivares, Renato; Berruti, Renza; Anna Cifarelli, Rosa; Brienza, Rosanna; Binda, Sandro; Briscolini, Sara; Castiglioni, Sara; Muzio, Sara; Manara, Serena; Bonetta, Silvia; Magi, Silvia; Riosa, Silvia; Schiarea, Silvia; De Grazia, Simona; Barigelli, Sofia; Rosatto, Stefano; Baldovin, Tatjana; Capparuccini, Valeria; Primache, Valeria; Groppi, Vanessa; Mazzucco, Walter; E, Suffredini
The short-term impact of probiotic consumption on the oral cavity microbiome
2018-01-01 Dassi, Erik; Ferretti, Pamela; Covello, Giuseppina; Speccher, Alessandra; Migazzi, Alice; Bosco, Bartolomeo; Rajashekar, Bodike; Zarbo, Calogero; Ballabio, Claudio; Rossetto, Daniele; Maino, Eleonora; Corradi, Eloina; Costa, Federica; Precazzini, Francesca; Rashid, Harun Or; Nicolussi, Manuel; Bolzan, Mattia; Demozzi, Michele; Olivieri, Michele; Zordan, Nicole; Pedron, Renato; Manara, Serena; Rezvan, Setareh; Naik, Sindhu Narasimha; Khaghani, Solmaz; Masella, Stefania; Perli, Thomas; Pierini, Virginia; Bertorelli, Roberto; Denti, Michela A.; De Sanctis, Veronica; Tett, Adrian; Segata, Nicola