Molecular characterization of grapevine from Santa Catarina, Brazil, using microsatellite markers

Oobjetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade de videiras em Santa Catarina, por meio de marcadores moleculares microssatélites (“simple sequence repeats” – SSR). Amostras de DNA foram coletadas a partir de folhas e ramos de acessos de coleções de germoplasma públicas e privadas, nos municípios de Urussanga, Nova Trento, Rodeio, São Joaquim, Campos Novos, Videira e Água Doce. Dez loci SSR (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VrZAG62, VrZAG79, VVMD25, VVMD28, VVMD31 e VVMD32) foram analisados por eletroforese capilar. Foram produzidos perfis moleculares de 190acessos de videira (europeus, americanos e híbridos), e 67genótipos foram individualizados. Osdados foram comparados entre si e com aqueles disponíveis em literatura e em bancos de dados online, para a identificação de correspondências e casos de sinonímia e homonímia. Quarenta perfis moleculares corresponderam a variedades conhecidas, e 27genótipos foram descritos pela primeira vez. Aexistência de um germoplasma típico, composto principalmente de variedades americanas e híbridas, é um fator importante para a viticultura local. Aaplicação desses resultados poderá contribuir para o controle de qualidade e a certificação de mudas. Além disso, aumentar a precisão no que tange à caracterização genética da videira, auxiliará os programas de melhoramento genético.

The objective of this work was to characterize the grape germplasm in Santa Catarina, Brazil, using microsatellite DNA markers (simple sequence repeats – SSR). The DNA samples were collected from leaves and shoots of accessions of public and private collections from the counties Urussanga, Nova Trento, Rodeio, São Joaquim, Campos Novos, Videira, and Água Doce. Ten SSR loci (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VrZAG62, VrZAG79, VVMD25, VVMD28, VVMD31, and VVMD32) were analysed by capillary electrophoresis. Molecular profiling was conducted for 190grapevines (European, American, and hybrids), and 67genotypes were obtained. The data were compared with each other and with those from the literature and from online databases, in order to identify varieties and discover cases of synonymy and homonymy. Forty molecular profiles corresponded to known varieties, while 27genotypes were described for the first time. The existence of typical germplasm composed mainly of American and hybrid varieties is an important finding for local viticulture. Applications of the results rely on quality control and certification at the nursery level. Increasing precision in the characterization of grapevine genotypes may help breeding programs.